L'acqua è una componente essenziale per la vita dei canneti delle zone lacustri, per cui essi risentono fortemente del livello idrometrico del lago.
L'azione di fitodepurazione operata dai canneti si può svolgere solo se all'interno di essi è presente l'acqua, come per la vita dei pesci e degli anfibi.
È da precisare che alcuni periodi di siccità non creano eccessivi problemi ai canneti e alla fauna che li utilizza; generalmente, quando le acque del lago si abbassano, le zone a canneto sono sfruttate da uccelli e animali che solitamente non sono presenti quando le acque sono alte.
Le acque presenti nei canneti di Sirmione sono state ampiamente studiate, sia attraverso analisi chimiche che analisi biologiche.
Oltre ai livelli del lago, l'ambiente acquatico risente molto della possibilità di circolazione da parte delle acque; infatti, in alcuni canneti le acque tendono a stagnarsi e questo può creare situazioni non sempre positive nei processi chimici e biologici.
I risultati hanno dimostrato come queste acque siano molto differenti dalle acque del lago prive di vegetazione e questo è dovuto alla particolarità dell'ecotono canneto.
All'interno di queste acque si trova una grande biodiversità; ad esempio in un recente lavoro di tesi si sono identificate numerose specie di micro-invertebrati tra cui 128 specie di protozoi ciliati, 45 specie di fito-plancton, 94 differenti specie di organismi zooplanctonici e 30 specie di macro-invertebrati bentonici.
Inoltre, le analisi chimiche hanno evidenziato peculiarità non riscontrabili nelle zone del lago privo di vegetazione.